بالإضافة إلى الكفاءات التي يجب أن يمتلكها خريجو جامعة عين شمس وجميع برامج الهندسة، يجب على خريج برنامج هندسة المياه والمنشآت الهيدروليكية أن يكون قادرًا على: 

• اختيار التقنيات المناسبة والمستدامة لإنشاء المباني والبنى التحتية والمنشآت المائية، باستخدام الأساليب العددية أو القياسات والاختبارات الفيزيائية، وذلك من خلال تطبيق مجموعة شاملة من مفاهيم وتقنيات الهندسة المدنية في: التحليل الإنشائي والميكانيكا، خصائص المواد ومقاومتها، المساحة، ميكانيكا التربة وميكانيكا الموائع. 

• تحقيق التصميم الأمثل للمنشآت الخرسانية المسلحة والمنشآت الفولاذية، والأساسات والمنشآت الحاجزة للأتربة؛ بالإضافة إلى الإلمام بثلاثة على الأقل من المواضيع التالية في الهندسة المدنية: النقل والمرور، الطرق والمطارات، السكك الحديدية، الأعمال الصحية، الري، الموارد المائية والموانئ؛ أو أي مجال ناشئ ذي صلة بالتخصص. 

• التخطيط لإدارة عمليات الإنشاء؛ ومعالجة عيوب التنفيذ، وقضايا الاستقرار والجودة؛ والحفاظ على إجراءات السلامة في الإنشاءات والمواد. 

• التعامل مع المناقصات والعقود والقضايا المالية، بما في ذلك التأمينات وضمانات المشاريع؛ وتقييم الآثار البيئية للمشاريع الهندسية المدنية. 

• تحديد المبادئ في مجالات ميكانيكا الموائع، والهيدروليكا، والري والصرف، والهيدرولوجيا، والموارد المائية، وتطبيق مبادئ نظم المعلومات الجغرافية (GIS) في هندسة المياه. 

• تصميم وتحليل المنشآت المائية مثل منشآت العبور، منشآت التحكم، منشآت الملاحة، منشآت الموانئ، منشآت التخزين، وإعداد الرسومات الهندسية المدنية. 

• مراعاة القضايا البيئية في مجالات الهيدروليكا، وهندسة السواحل، والمياه الجوفية والسطحية، وهندسة الأنهار، وجودة المياه، وتغير المناخ، والقيام بالقياسات الحقلية والمخبرية، وتقييم الأثر البيئي لمشاريع هندسة المياه. 

• التخطيط وتصميم أنظمة الري والصرف، والشبكات الهيدروليكية، وأنظمة الصرف المستدامة، ومحطات الضخ. 

• إظهار المعرفة في مجالات المنشآت الخرسانية المائية، وأساسات المنشآت المائية، والأعمال الصحية، والطرق وأنظمة النقل ومعاييرها وأكوادها الفنية. 

• استخدام بعض البرامج الحاسوبية وتكنولوجيا المعلومات في مجال هندسة المياه والمنشآت الهيدروليكية.