تضم كلية الهندسة - جامعة عين شمس مجموعة من مراكز التميز التي تعزز البحث العلمي والابتكار والتعاون مع الصناعة. وتشمل مركز التميز في إدارة النفايات لتطوير حلول مستدامة، ومركز التميز في الطاقة لدعم تقنيات الطاقة المتجددة، ومركز التميز في أبحاث المياه الذي يتناول التحديات المائية. كما يركز مجموعة النظم الديناميكية والرقمنة على الأتمتة والتقنيات الذكية، بينما توفر ورشة لوبان تدريبًا تقنيًا ومهنيًا متقدمًا لإعداد الكوادر المؤهلة.
